ไซโคลเฮกซีนิลเฟอร์โรซีนมีการประยุกต์ใช้ในสาขาต่างๆ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ของมัน มักใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นสำหรับสร้างสารประกอบออร์กาโนเมทัลลิกที่ซับซ้อนมากขึ้น ส่วนของเฟอร์โรซีนทำให้มีคุณค่าในการเร่งปฏิกิริยา โดยเฉพาะการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก ซึ่งสามารถเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกในการเกิดปฏิกิริยา นอกจากนี้ ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับพัฒนาโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบที่มีความเสถียรทางความร้อนและเคมีที่ดีขึ้น ในด้านไฟฟ้าเคมี ไซโคลเฮกซีนิลเฟอร์โรซีนทำหน้าที่เป็นวัสดุที่ออกซิเดชัน-รีดักชันได้ในเซ็นเซอร์และอุปกรณ์กักเก็บพลังงาน ศักยภาพในเคมียารักษาโรคกำลังถูกสำรวจสำหรับออกแบบยารักษาใหม่ที่มีคุณสมบัติบำบัดจากโลหะ