6-Nitrofluorescein (isomer II) ถูกใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาและเคมีเพื่อเป็นตัวติดตามหรือสัญญาณเรืองแสง เนื่องจากมีความสามารถในการเปล่งแสงภายใต้การกระตุ้นด้วยแสง ซึ่งทำให้เป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการศึกษาและวิเคราะห์กระบวนการทางชีวโมเลกุล เช่น การติดตามการเคลื่อนที่ของเซลล์หรือโมเลกุลในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในเทคนิคการวิเคราะห์ทางเคมีเพื่อตรวจวัดสารต่างๆ ด้วยความไวสูง โดยเฉพาะในงานที่เกี่ยวข้องกับการวัดความเข้มข้นของสารเป้าหมายในตัวอย่างที่ซับซ้อน