ฟลูออรีซีน ไอโซไทโอไซยาเนต (FITC) ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมฟลูออเรสเซนต์ในงานวิจัยทางชีววิทยาและเคมี การประยุกต์ใช้หลักคือในการติดฉลากโปรตีน แอนติบอดี และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ สำหรับกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์, flow cytometry, และการทดสอบ immunofluorescence FITC จับติดแบบโคเวเลนต์กับกลุ่มอะมิโน ทำให้สามารถมองเห็นและติดตามโมเลกุลเฉพาะภายในเซลล์หรือเนื้อเยื่อได้ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวินิจฉัย เช่น การตรวจจับแอนติบอดีหรือแอนติเจนในตัวอย่างทางคลินิก FITC ยังใช้ในการตรวจสอบสิ่งแวดล้อมเพื่อติดตามการไหลของน้ำและการปนเปื้อน เนื่องจากมีฟลูออเรสเซนต์ที่แรงภายใต้แสง UV ความหลากหลายและความไวสูงทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าทั้งในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม