5-Carboxyfluorescein N-succinimidyl ester ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารติดฉลากฟลูออเรสเซนต์ในงานศึกษาทางชีวเคมีและเซลล์ มีคุณค่าอย่างยิ่งสำหรับการติดแท็กโปรตีน เปปไทด์ และแอนติบอดี เนื่องจากมีกลุ่มเอสเตอร์ซัคซินิมิดิลที่ทำปฏิกิริยา ซึ่งก่อให้เกิดพันธะอะไมด์ที่เสถียรกับเอมีนปฐมภูมิ สารประกอบนี้ถูกนำไปใช้อย่างกว้างขวางในกล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนต์ การวิเคราะห์เซลล์ด้วยโฟลว์ไซโตเมทรี และการทดสอบที่ใช้ฟลูออเรสเซนต์ เพื่อติดตามและแสดงภาพโมเลกุลชีวภาพในเซลล์ที่มีชีวิตหรือเซลล์ที่คงไว้ คุณสมบัติผลผลิตควอนตัมสูงและความไวต่อ pH ทำให้เหมาะสำหรับการตรวจสอบกระบวนการเซลล์ เช่น การกลืนกิน (endocytosis) การเคลื่อนไหวของเยื่อหุ้มเซลล์ และการเปลี่ยนแปลง pH ภายในเซลล์ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการติดฉลากกรดนิวคลีอิก และในงานวินิจฉัยสำหรับพัฒนาระบบตรวจจับที่ใช้ฟลูออเรสเซนต์