Naphthofluorescein ใช้กันอย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมเรืองแสงในงานวิจัยทางชีววิทยาและเคมี มีคุณค่าอย่างยิ่งในการใช้กล้องจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนส์และเทคนิคการถ่ายภาพเพื่อติดฉลากและติดตามโมเลกุลหรือโครงสร้างเซลล์เฉพาะ คุณสมบัติการเรืองแสงที่แข็งแกร่งทำให้เหมาะสำหรับการศึกษากระบวนการ динамиกในเซลล์ที่มีชีวิต เช่น ความถี่ทะลุเยื่อหุ้มเซลล์และการขนส่งภายในเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในแอสเซย์เพื่อตรวจจับและวัดปริมาณกิจกรรมของเอนไซม์ เนื่องจากความเรืองแสงสามารถเปลี่ยนแปลงตอบสนองต่อปฏิกิริยาชีวเคมีเฉพาะ Naphthofluorescein ยังถูกนำมาใช้ในการตรวจสอบสิ่งแวดล้อมเพื่อติดตามมลพิษหรือวิเคราะห์คุณภาพน้ำ เนื่องจากความไวต่อ pH และปัจจัยสิ่งแวดล้อมอื่นๆ ในวิทยาศาสตร์วัสดุ ทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้เรืองแสงเพื่อศึกษาคุณสมบัติและพฤติกรรมของโพลิเมอร์และวัสดุอื่นๆ