แคลซีนเป็นสารเรืองแสงที่ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาและการแพทย์ในฐานะสารติดตามและตัวบ่งชี้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในฐานะตัวตรวจจับแคลเซียมที่ไวต่อไอออนแคลเซียม ซึ่งความเข้มของการเรืองแสงจะเพิ่มขึ้นเมื่อจับกับไอออนแคลเซียม ทำให้สามารถติดตามพลวัตของแคลเซียมภายในเซลล์ได้ ในงานทดสอบความมีชีวิตของเซลล์ (cell viability) แคลซีนซึ่งไม่สามารถผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ จะถูกกีดกันโดยเซลล์ที่มีชีวิต แต่สามารถเข้าสู่เซลล์ที่ตายหรือเสียหายซึ่งมีเยื่อหุ้มเซลล์รั่วไหล ทำให้สามารถแยกแยะได้จากความเรืองแสง นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาการติดตามการไหลของของไหล การรั่วไหล หรือการซึมผ่านของเยื่อหุ้มเซลล์ในระบบชีวภาพ รวมถึงการไหลเวียนของเลือดและระบบหลอดเลือด ตลอดจนการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมและสิ่งแวดล้อม คุณสมบัติการเรืองแสงที่แรงและความเป็นพิษต่ำทำให้เหมาะสำหรับการถ่ายภาพและการวินิจฉัยในกล้องจุลทรรศน์และ flow cytometry