ใช้ Cy5 alkyne ในการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน หรือ ดีเอ็นเอ เพื่อการตรวจวัดด้วยเทคนิคฟลูออเรสเซนซ์ โดยเฉพาะในงานวิจัยเซลล์ เช่น การติดตามการแสดงออกของยีน การเคลื่อนที่ของโปรตีนภายในเซลล์ หรือการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างโมเลกุล สามารถใช้ร่วมกับปฏิกิริยาคลิกเคมี (click chemistry) เพื่อจับคู่กับโมเลกุลที่มีหมู่แอซิด ทำให้ได้สัญญาณเรืองแสงที่ชัดเจนและเฉพาะเจาะจง การปล่อยแสงใกล้แสงอินฟราเรดช่วยให้สามารถถ่ายภาพเนื้อเยื่อลึกได้ด้วยพื้นหลังฟลูออเรสเซนซ์ต่ำ ทำให้มีคุณค่าในการถ่ายภาพจุลทรรศน์ขั้นสูงและการถ่ายภาพในร่างกาย เหมาะสำหรับการถ่ายภาพจุลทรรศน์ฟลูออเรสเซนซ์ การวิเคราะห์โฟลว์ไซโตรเมทรี และการตรวจวัดในระบบชีวโมเลกุลแบบเรียลไทม์