6-Fluoroflavone ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม มีการศึกษาเกี่ยวกับฤทธิ์ต้านการอักเสบ ต้านอนุมูลอิสระ และการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิด เช่น เอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังมีศักยภาพในการใช้เป็นโมเลกุลนำสำหรับการพัฒนายาใหม่ที่มุ่งเป้าไปที่ระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากสามารถผ่านเกราะเลือด-สมองได้ดีในแบบจำลองทดลองบางชนิด