ใช้หลักในการเป็นยาต้านปรสิต ออกฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของโปรโตซัว เช่น มาลาเรีย (ยับยั้ง Plasmodium ในเม็ดเลือดแดง), โรคจิดำ, โรคบิดมีตัว, และ giardiasis นอกจากนี้ยังมีคุณสมบัติต้านการอักเสบ ใช้จัดการโรคภูมิต้านตนเอง เช่น โรค lupus erythematosus ในงานวิจัย ใช้เป็นสีย้อมเรืองแสงสำหรับตรวจหานิวคลีอิกแอซิดในเซลล์และการย้อมโครโมโซม (Q-banding) รวมถึงสำรวจคุณสมบัติต้านมะเร็งในการทดลอง และใช้ช่วยวินิจฉัยโรคทางเดินอาหาร เช่น การตรวจหาแผลในกระเพาะด้วยการเรืองแสง การใช้ควินาครีนต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงรุนแรง