ฟลูโอ 3-เอเอ็ม ถูกใช้เป็นตัวติดตามแคลเซียมในเซลล์ เนื่องจากสามารถเข้าไปในเซลล์ได้ง่ายและเปลี่ยนแปลงโครงสร้างเมื่อจับกับไอออนแคลเซียม ทำให้เรืองแสงสว่างขึ้นอย่างมาก จึงนิยมใช้ในงานวิจัยที่ต้องการตรวจวัดการเปลี่ยนแปลงของระดับแคลเซียมภายในเซลล์ เช่น การศึกษาการทำงานของเซลล์ประสาท การหดตัวของกล้ามเนื้อ หรือการตอบสนองของเซลล์ต่อสัญญาณต่าง ๆ โดยมักใช้ร่วมกับกล้องจุลทรรศน์เรืองแสงหรือเครื่องอ่านค่าฟลูออเรสเซนซ์