ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพที่มุ่งเป้าไปที่โรคระบบประสาทส่วนกลางและโรคเมแทบอลิซึม โครงสร้างฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มความเสถียรต่อการเผาผลาญและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้มีคุณค่าในเคมีเภสัชสำหรับปรับปรุงประสิทธิภาพของยาและเภสัชจลนศาสตร์ มักใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งโมเลกุลขนาดเล็กและตัวปรับตัวรับที่ซึ่งการแทนที่ด้วยฟลูออรีนมีบทบาทสำคัญในความสัมพันธ์การจับและความเลือกสรร