Bis(4-fluorobenzyl)amine hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างที่มีอะตอมฟลูออรีนทำให้มีคุณค่าในการสร้างเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการออกแบบโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่เพิ่มขึ้น มักใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบที่ขัดต่อโรคทางระบบประสาท โดยที่อะตอมฟลูออรีนสามารถปรับปรุงความสัมพันธ์ในการจับกับตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ยังเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการผลิตสารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น การประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุก็เด่นชัด โดยใช้ในการปรับเปลี่ยนโพลิเมอร์และสารเคลือบเพื่อให้ได้คุณสมบัติเฉพาะ เช่น ความทนทานที่เพิ่มขึ้นหรือความต้านทานต่อปัจจัยสิ่งแวดล้อม