ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ช่วยให้สามารถนำ pentafluorophenylalanine เข้าสู่โซ่เปปไทด์ได้ กลุ่ม BOC ให้การป้องกันกลุ่มอะมิโนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะ กลุ่ม pentafluorophenyl ของมันช่วยเพิ่มความเสถียรของเปปไทด์และสามารถใช้ในการศึกษาทางชีวเคมี เช่น การโต้ตอบระหว่างเอนไซม์และซับสเตรต หรือการติดฉลากโปรตีน สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในเคมียารักษาเพื่อออกแบบเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะหรือคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ปรับปรุงแล้ว