2,6-Difluorotoluene ถูกนำไปใช้ในอุตสาหกรรมเคมีเพื่อเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีฟลูออรีนเป็นส่วนประกอบ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากโครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเสถียรของสารเหล่านี้ นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีสำหรับอุตสาหกรรมยา โดยเป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนซึ่งมีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา ในอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์ 2,6-Difluorotoluene อาจถูกใช้ในการผลิตวัสดุพิเศษที่มีคุณสมบัติเฉพาะทาง เช่น วัสดุฉนวนหรือสารเคลือบป้องกัน