2-Methoxy-5-nitrobenzotrifluoride ถูกนำมาใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ มีบทบาทสำคัญในการผลิตยาและเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครทำให้เป็นส่วนประกอบหลักในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ เช่น ยาต้านจุลชีพหรือสารกำจัดศัตรูพืช นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสีย้อมและเม็ดสี โดยกลุ่มไนโตรและเมทอกซีช่วยให้มีคุณสมบัติสีที่ต้องการ ในงานวิจัย ใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับศึกษากลไกปฏิกิริยาและพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์ใหม่ กลุ่ม trifluoromethyl ช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยาของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ทำให้มีคุณค่าในงานเคมีขั้นสูง เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มเมทอกซี ไนโตร และ trifluoromethyl ที่สามารถทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย