3-Bromo-2-fluorobenzotrifluoride ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ มีคุณค่าในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี เป็นโครงสร้างพื้นฐานสำหรับพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในการสร้างส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) และสารป้องกันพืช โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครที่มีทั้งหมู่โบรโมและฟลูออโร ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเคมีแบบเลือก性 ทำให้มีประโยชน์ในการทำปฏิกิริยาครอสคัปปลิง (cross-coupling reactions) และการแปลงอื่นๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์สารเคมีพิเศษและโพลิเมอร์ขั้นสูง หมู่ไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มความเสถียรและ lipophilicity (ความสามารถในการละลายในไขมัน) ของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ซึ่งมีประโยชน์ในการออกแบบยาและการปรุงสูตร