ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มีฟลูออรีนซึ่งต้องการความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น โครงสร้างของมันสนับสนุนการสร้างส่วนประกอบที่ใช้งานได้ในยาระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านการอักเสบ ฟลูออรีนช่วยเพิ่มความจำเพาะในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ ทำให้มีคุณค่าในการวิจัยเคมียา นอกจากนี้ยังใช้ในด้านเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้นและมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมที่ดีกว่า