ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฟลูออรีนแทนที่เพื่อเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพ โครงสร้างอะโรมาติกที่มีฟลูออรีนสามตัวทำให้มีคุณค่าในเคมีทางการแพทย์สำหรับการปรับคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และ steric ของสารออกฤทธิ์ โครงสร้างที่มีการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการซึมผ่านของเยื่อหุ้มเซลล์และปรับปรุงเสถียรภาพของโมเลกุล ทำให้สารที่ได้มีฤทธิ์ทางชีวภาพที่ดีขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ที่มีประสิทธิภาพ เนื่องจากอะตอมฟลูออรีนมีผลต่อ lipophilicity และการจับกับเป้าหมาย รวมถึงเป็นสารตั้งต้นในการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชชนิดใหม่ที่มีประสิทธิภาพและย่อยสลายได้ง่ายในสิ่งแวดล้อม นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการเตรียมวัสดุอินทรีย์พิเศษและผลึกเหลว โดยการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยปรับปรุงความต้านทานต่อความร้อนและเคมี