ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านกำแพงเลือด-สมอง ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยาต้านซึมเศร้า ยาต้านโรคจิต และสารประกอบทางประสาทอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในสารเคมีเกษตรสำหรับสร้างโมเลกุลชีวภาพที่มีความต้านทานต่อการย่อยสลายดีขึ้น หมู่เอมีนช่วยให้สามารถดัดแปลงได้ง่าย เปิดโอกาสให้ใช้ในโครงการเคมียาสำหรับศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรมต่างๆ