3-Methoxy-5-nitrobenzotrifluoride ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร กลุ่ม trifluoromethyl ของมันช่วยเสริมกิจกรรมทางชีวภาพของสารประกอบสุดท้าย ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายา นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสีย้อมและเม็ดสี เนื่องจากกลุ่มไนโตรที่ช่วยในคุณสมบัติสี และยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีหน้าที่เฉพาะเจาะจง