ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีนที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการย่อยสลายที่เพิ่มขึ้น รวมถึง bioavailability ที่ดีขึ้น กลุ่มไตรฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่ม lipophilicity และความต้านทานต่อการย่อยสลายแบบออกซิเดชัน ทำให้มีคุณค่ากในการออกแบบส่วนประกอบที่ใช้งานได้สำหรับสารกำจัดวัชพืช สารกำจัดเชื้อรา และยารักษาโรค ใช้บ่อยในการจับคู่เปปไทด์และปฏิกิริยา derivatization เพื่อนำหมู่ฟลูออรีนเข้าไปในโมเลกุลที่ใหญ่กว่า