(Trifluoromethyl)cyclohexane ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม กลุ่ม trifluoromethyl ของมันช่วยเพิ่มความเสถียรและ lipophilicity ของโมเลกุล ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาสารประกอบชีวภาพ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง เนื่องจากช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกสรรของผลิตภัณฑ์เหล่านี้ นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการผลิตวัสดุพิเศษ เช่น โพลิเมอร์ฟลูออรีน ซึ่งมีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความต้านทานต่อสารเคมีและความเสถียรทางความร้อน ในเคมียา มันถูกใช้ในการปรับเปลี่ยนยาร่วมเพื่อปรับปรุงความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่สาขาของผลึกเหลว ซึ่งช่วยในการพัฒนาเทคโนโลยีการแสดงผลขั้นสูง