1,1-Difluorocyclohexane ถูกใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีอะตอมฟลูออรีนสองตัวบนคาร์บอนเดียวกัน ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โดยการนำฟลูออรีนเข้าไปสามารถเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของสารประกอบ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์โพลิเมอร์และวัสดุที่ฟลูออรีน ซึ่งมีชื่อเสียงในด้านความต้านทานต่อสารเคมี ความร้อน และรังสี UV สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยและพัฒนาเพื่อศึกษาผลกระทบของการฟลูออรีนต่อกลไกปฏิกิริยาและคุณสมบัติโมเลกุล