เมทิลฟลูออโรซัลโฟนิลไดฟลูออโรอะซิเตท ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการนำกลุ่มฟลูออโรซัลโฟนิลและไดฟลูออโรอะซิเตทเข้าสู่โมเลกุลต่างๆ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายา โดยสามารถใช้ปรับเปลี่ยนคุณสมบัติทางเคมีของยาตัวสมัคร เพิ่มความเสถียร การดูดซึมทางชีวภาพ หรือกิจกรรม นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ช่วยในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นหรือโปรไฟล์สิ่งแวดล้อมที่ดีกว่า ในวิทยาศาสตร์วัสดุ สามารถนำไปใช้สร้างโพลิเมอร์หรือสารเคลือบพิเศษที่มีลักษณะฟลูออรีนเฉพาะ เช่น ทนความร้อน สารเคมี หรือการผุกร่อน ความตอบสนองของสารนี้ยังมีประโยชน์ในการวิจัยและพัฒนาสำหรับสำรวจเส้นทางเคมีใหม่และสร้างวัสดุฟังก์ชันขั้นสูง