เบนซิล 3,3-ไดฟลูออโรไซโคลบิวเทนคาร์บอกซิเลต ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โครงสร้างที่มีวงแหวนไดฟลูออโรไซโคลบิวเทน มีคุณค่าต่อเคมียารักษาโรคในการเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของยาที่เป็นผู้สมัคร นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตร ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับสร้างโมเลกุลซับซ้อนในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม