เอทิล ไอโอโดไดฟลูออโรอะซิเตท ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการนำกลุ่มไดฟลูออโรอะซิเตทเข้าไปในโมเลกุล มีคุณค่าอย่างยิ่งในการเตรียมสารประกอบฟลูออรีน ซึ่งมักถูกแสวงหาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมีเนื่องจากความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-ฟลูออรีน ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการพัฒนายาและวัสดุชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีการใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษากลไกปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับตัวกลางฟลูออรีน