Allyl trifluoroacetate ใช้หลักๆ เป็นตัวเรย์เจนต์ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการนำกลุ่มอัลลิลเข้าสู่สารประกอบเคมีต่างๆ ส่วนของไตรฟลูออโรอะซีเตตทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าต่อการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มักใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์โพลิเมอร์และเรซิน โดยทำหน้าที่เป็นสารเชื่อมขวางเพื่อเสริมคุณสมบัติของวัสดุ นอกจากนี้ ยังประยุกต์ใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษ รวมถึงกลิ่นและน้ำหอม เนื่องจากความสามารถในการปรับแต่งและคงตัวของสารประกอบอะโรมาติกบางชนิด ความตอบสนองและความเสถียรในสภาวะต่างๆ ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในงานวิจัยเคมีขั้นสูงและกระบวนการอุตสาหกรรม