โซเดียม ไดฟลูออโรมีเทนซัลฟิเนต ใช้หลักๆ เป็นตัวเรย์เจนต์ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการนำกลุ่มไดฟลูออโรเมทิลเข้าสู่โมเลกุลต่างๆ สารเคมีนี้มีคุณค่าต่อการพัฒนายา โดยช่วยในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียรที่เพิ่มขึ้น ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร เพื่อช่วยในการผลิตยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น นอกจากนี้ ยังนำไปประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการปรับเปลี่ยนโพลิเมอร์หรือสร้างสารเคลือบพิเศษที่มีคุณสมบัติเฉพาะตัว ความสามารถในการทำหน้าที่เป็นตัวนำไดฟลูออโรเมทิลทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในงานวิจัยและเคมีอุตสาหกรรม