เมทิล ไอโซไทโอไซยาเนตใช้เป็นสารฆ่าเชื้อและสารกำจัดศัตรูพืชในทางการเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมเชื้อรา แบคทีเรีย ไส้เดือนฝอย และวัชพืชในดิน มักใช้ในรูปแบบของสารประกอบเมทามโซเดียม ซึ่งจะปล่อยเมทิล ไอโซไทโอไซยาเนตออกมาเมื่อสัมผัสกับความชื้นในดิน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมดินก่อนปลูกพืชเพื่อทำลายเชื้อโรคและศัตรูพืชที่อาจเป็นอันตรายต่อพืชผลทางการเกษตร อย่างไรก็ตาม ต้องใช้ด้วยความระมัดระวังเนื่องจากเป็นสารพิษที่อาจเป็นอันตรายต่อมนุษย์และสิ่งแวดล้อมหากใช้ไม่ถูกวิธี