เมทิลไทโอไซยาเนตถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในภาคเกษตรกรรมในฐานะสารรมควันและยาฆ่าแมลงเพื่อควบคุมไนมาโตเด เชื้อรา และวัชพืชในดิน มีประสิทธิภาพในการฆ่าเชื้อดินก่อนปลูกพืช เพื่อให้การเจริญเติบโตมีสุขภาพดีขึ้น ในอุตสาหกรรมเคมี ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษาการเกิดปฏิกิริยาเคมีและพัฒนาสารประกอบใหม่ คุณสมบัติของมันทำให้มีคุณค่าในทั้งการประยุกต์ใช้จริงและความก้าวหน้าทางวิทยาศาสตร์