1,1,1-Trifluoroethyl-peg5-tos ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในด้านการปรับเปลี่ยนโมเลกุลเพื่อเพิ่มความเสถียรและความสามารถในการละลายของสารประกอบ ตัวอย่างเช่น มันถูกใช้ในการสร้างลิงก์เชื่อมต่อระหว่างโมเลกุลต่าง ๆ ในกระบวนการผลิตยาและวัสดุนาโน ซึ่งช่วยให้สารประกอบมีประสิทธิภาพในการส่งผ่านเข้าสู่เซลล์หรือเนื้อเยื่อเป้าหมายได้ดีขึ้น นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคลือบผิวหรือสารช่วยในการสร้างฟิล์มบางที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความทนทานต่อสารเคมีหรืออุณหภูมิสูง การใช้งานเหล่านี้ทำให้มันเป็นสารสำคัญในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและวัสดุศาสตร์