MS-PEG3-THP ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในด้านเคมีชีวภาพและเภสัชวิทยา เนื่องจากโครงสร้างที่มีกลุ่ม THP (Tetrahydropyran) ที่สามารถป้องกันกลุ่มฟังก์ชันอล (hydroxyl group) ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เป็นตัวเลือกที่เหมาะสมในการสร้างโมเลกุลที่มีความซับซ้อน นอกจากนี้ กลุ่ม PEG (Polyethylene glycol) ในโมเลกุลยังช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายในน้ำ และปรับปรุงคุณสมบัติทางเภสัชจลนศาสตร์ของสารที่สังเคราะห์ขึ้น เช่น การเพิ่มความเสถียรและลดความเป็นพิษ MS-PEG3-THP มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวเชื่อม (linker) ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์, โปรตีน, หรือโมเลกุลขนาดเล็กอื่น ๆ ที่ใช้ในการวิจัยและพัฒนายา นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิวของอนุภาคนาโนเพื่อเพิ่มความเข้ากันได้ทางชีวภาพ และปรับปรุงประสิทธิภาพในการส่งส่งยา (drug delivery) อีกด้วย