S-Acetyl-peg3-phosphonic acid ethyl ester ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านเคมีชีวภาพและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์และปรับเปลี่ยนโมเลกุลของสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายและมีความเสถียรทางเคมีสูง ทำให้เหมาะสำหรับใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างโมเลกุลที่มีความซับซ้อน เช่น ยาและสารชีวโมเลกุลต่าง ๆ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในการพัฒนาระบบนำส่งยาเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการดูดซึมและลดผลข้างเคียงที่ไม่พึงประสงค์ของยาในร่างกาย