S-Acetyl-peg3-phosphonic acid ethyl ester ถูกใช้อย่างแพร่หลายในสาขาการเชื่อมต่อทางชีวภาพและการนำส่งยา การประยุกต์ใช้หลักอยู่ที่การปรับเปลี่ยนไบโอโมเลกุล เช่น โปรตีน เพปไทด์ และแอนติบอดี เพื่อเพิ่มความเสถียร ความละลาย และประสิทธิภาพการกำหนดเป้าหมาย สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาโปรดรัก โดยทำหน้าที่เป็นตัวเชื่อมโยงเพื่อติดยาสารรักษา ทำให้สามารถปล่อยออกมาอย่างควบคุมที่ตำแหน่งเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์โปรดรักที่ขึ้นอยู่กับฟอสโฟเนต ซึ่งมีความสำคัญต่อการปรับปรุง bioavailability ของยาที่มีคุณสมบัติการดูดซึมไม่ดี บทบาทของมันในการสร้างสารประกอบ PEGylated ยังช่วยลด immunogenicity และยืดระยะเวลาการไหลเวียนของยาสารรักษาในร่างกาย