Fmoc-PEG3-C2-NHS ester ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์และการเชื่อมต่อทางชีวภาพ (bioconjugation) โดยทำหน้าที่เป็นลิงก์เกอร์เพื่อยึดเปปไทด์หรือโมเลกุลอื่น ๆ กับพื้นผิวหรือชีวโมเลกุล กลุ่ม Fmoc ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันแบบเลือกเพศได้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัว (solid-phase peptide synthesis) ซึ่งช่วยในการสร้างเปปไทด์แบบทีละขั้นตอน

ตัวคั่น PEG ช่วยเพิ่มความละลายน้ำและลดการขัดขวางเชิง steric ทำให้ปฏิกิริยาการเชื่อมต่อมีประสิทธิภาพมากขึ้น ส่วนเอสเตอร์ NHS ตอบสนองกับอะมีนปฐมภูมิ ส่งเสริมการก่อตัวพันธะอะไมด์ที่เสถียรกับโปรตีน แอนติบอดี หรือโมเลกุลที่มีอะมีนอื่น ๆ

สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในระบบการส่งยา ซึ่งช่วยสร้างการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมายโดยการเชื่อมโยงยาเข้ากับตัวพาหะหรือแอนติบอดี นอกจากนี้ ยังใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิวสำหรับเซ็นเซอร์ชีวภาพและวัสดุชีวภาพ เพื่อเพิ่มความเข้ากันได้ทางชีวภาพและการทำงาน

สารนี้เป็นสารเคมีเฉพาะทาง (specialty chemical) ที่ใช้เป็นตัวกลางหรือสารเติมแต่งเฉพาะสำหรับการสังเคราะห์ทางชีววิทยาและเภสัชกรรม ไม่ใช่สารเคมีทั่วไป