Mal-PEG6-acid ใช้ในการสังเคราะห์สารชีวโมเลกุลและการปรับเปลี่ยนโปรตีน โดยเฉพาะในการเชื่อมต่อกับเปปไทด์หรือโปรตีนผ่านกลุ่มมาลีอิมัยด์ (maleimide) ซึ่งทำปฏิกิริยากับกลุ่มธิออล (thiol) บนโมเลกุลเป้าหมายได้อย่างเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาและการวิจัยทางชีววิทยา เช่น การสร้างคอนจูเกตของยาหรือโมเลกุลตรวจวัด (probes) สำหรับการถ่ายภาพและการศึกษากลไกการทำงานของเซลล์ โครงสร้าง PEG6 ในโมเลกุลช่วยเพิ่มความละลายน้ำและลดการตอบสนองภูมิคุ้มกันที่ไม่พึงประสงค์ ทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานในระบบชีวภาพ