1-Methyl-3-phenylthiourea ใช้หลักในงานเกษตรกรรมเป็นสารกำจัดเชื้อราเพื่อปกป้องพืชผลจากโรคเชื้อรา มีประสิทธิภาพในการควบคุมโรคเช่น โรคแป้งฝุ่นและโรคราน้ำค้างในพืชต่างๆ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบเคมีอื่นๆ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร ในด้านการวิจัย ใช้ศึกษาผลกระทบต่อการยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งช่วยให้ข้อมูลเชิงลึกในการพัฒนายาใหม่ๆ