เมโทเฟนาเซตถูกใช้หลักๆ ในด้านการเกษตรในฐานะยาฆ่าเชื้อรา มีประสิทธิภาพในการควบคุมโรคเชื้อราต่างๆ ที่ส่งผลกระทบต่อพืชผล เช่น โรคราแป้งและจุดใบ สารเคมีนี้ทำงานโดยยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อรา ทำให้ปกป้องพืชและให้ผลผลิตที่แข็งแรงกว่า มักนำไปใช้กับพืชผล เช่น ผัก ผลไม้ และพืชประดับ เมโทเฟนาเซตมักใช้ในโปรแกรมการจัดการศัตรูพืชแบบบูรณาการ เพื่อลดการพึ่งพาสารเคมีที่เป็นพิษมากขึ้น ส่งเสริมการทำเกษตรอย่างยั่งยืน การใช้งานมักทำโดยการพ่น เพื่อให้ครอบคลุมพื้นผิวพืชอย่างสม่ำเสมอเพื่อประสิทธิภาพสูงสุด