Gb3-β-MP ถูกใช้หลักๆ ในการวิจัยทางชีวการแพทย์ โดยเฉพาะในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณของเซลล์และพลวัตของเยื่อหุ้มเซลล์ มันมีบทบาทสำคัญในการทำความเข้าใจปฏิสัมพันธ์ระหว่างไกลโคสฟิงโกลิปิดและโปรตีน ซึ่งจำเป็นสำหรับกระบวนการเช่น การยึดเกาะของเซลล์และการรับรู้ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาการบำบัดแบบมุ่งเป้า สำหรับโรคที่เกี่ยวข้องกับการเผาผลาญไกลโคสฟิงโกลิปิด เช่น มะเร็งบางชนิดและโรคติดเชื้อ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการศึกษาพิษจากแบคทีเรีย เนื่องจากมันทำหน้าที่เป็นตัวรับสำหรับ Shiga toxin ช่วยในการตรวจสอบกลไกของพิษและการรักษาที่เป็นไปได้