6-Chloro-3-indolyl β-D-Galactopyranoside ใช้เป็นสารตั้งต้นในชีววิทยาโมเลกุลเพื่อตรวจสอบกิจกรรมของเอนไซม์ β-galactosidase โดยมักใช้ในการคัดกรองสีน้ำเงิน-ขาว (blue-white screening) เพื่อระบุแบคทีเรียที่เป็น recombinant เมื่อเอนไซม์ β-galactosidase ทำปฏิกิริยา จะเกิดการตัดและผลิตผลิตภัณฑ์สีน้ำเงินที่ไม่ละลายน้ำ ทำให้สามารถแยกแยะด้วยตาเปล่าระหว่างโคโลนีที่มีและไม่มีเอนไซม์ สิ่งนี้มีคุณค่าในการทดลองโคลน การศึกษาแสดงออกของยีน และการทดสอบ mutagenesis นอกจากนี้ยังใช้ในงาน histochemistry และ biochemistry เพื่อ localize และ quantify β-galactosidase ในเซลล์และเนื้อเยื่อ