อินูลิเนสจาก Aspergillus niger ถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องดื่มสำหรับการไฮโดรไลซิสอินูลิน ซึ่งเป็นโพลีแซคคาไรด์ที่พบในพืชเช่นชิโครีและหัวอาร์ติโชคเยรูซาเล็ม กระบวนการเอนไซม์นี้ย่อยสลายอินูลินให้เป็นฟรุกโตสและฟรุกโตโอลิโกแซคคาไรด์ (FOS) ซึ่งมีคุณค่าในฐานะสารให้ความหวานแคลอรีต่ำและส่วนผสมพรีไบโอติก เอนไซม์นี้มีประโยชน์โดยเฉพาะในการผลิตไซรัปฟรุกโตสสูง ซึ่งเป็นทางเลือกแทนซูโครสในผลิตภัณฑ์อาหารต่างๆ นอกจากนี้ อินูลิเนสยังมีบทบาทในอุตสาหกรรมการหมัก โดยช่วยในการผลิตไบโอเอทานอลด้วยการแปลงอินูลินให้เป็นน้ำตาลที่หมักได้ การนำไปใช้ในการพัฒนาอาหารฟังก์ชันนัลและอาหารเสริมก็เด่นชัด โดย FOS จากกิจกรรมของอินูลิเนสช่วยส่งเสริมสุขภาพลำไส้โดยกระตุ้นการเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่มีประโยชน์