ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่ขัดต่อโรคระบบประสาทส่วนกลางและโรคเมแทบอลิซึม โครงสร้างไซโคลเพนทิลฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้มีคุณค่าในเคมียาสำหรับการปรับปรุงยา นอกจากนี้ยังใช้เป็นลิงเกอร์ (linker) หรือสไปเซอร์ (spacer) ในการออกแบบโมเลกุลยาเพื่อควบคุมระยะห่างระหว่างกลุ่มฟังก์ชันที่สำคัญ และนำไปใช้ในการเตรียมบล็อกก่อสร้างฟลูออรีนสำหรับสารเคมีเกษตรและวัสดุพิเศษที่ต้องการ lipophilicity ที่ดีขึ้นและผลทางอิเล็กทรอนิกส์