1,6-ไดคลอโรเฮกเซนใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ มีบทบาทสำคัญในการผลิตโพลิเมอร์ โดยเฉพาะในการสร้างไนลอนและเส้นใยโพลีเอไมด์อื่นๆ สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารลดแรงตึงผิวและน้ำยาล้าง โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับตัวแทนอัลคิลเลติ้ง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โดยมีส่วนช่วยในการพัฒนาส่วนผสมที่ใช้งานได้ ในงานวิจัยและพัฒนา 1,6-ไดคลอโรเฮกเซนมักถูกใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงและการแปลงอินทรีย์อื่นๆ เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน