เมทิล 6-บรอโมเฮกซาโนเอต ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตเภสัชภัณฑ์และเคมีภัณฑ์ละเอียด มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักสำหรับการสังเคราะห์สารประกอบต่างๆ รวมถึงส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) และสารเคมีเกษตร กลุ่มบรอมในโมเลกุลทำให้เป็นสารเคมีที่ยืดหยุ่นสำหรับปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก ซึ่งช่วยให้เกิดการก่อตัวของพันธะคาร์บอน-คาร์บอนหรือคาร์บอน-ฮีเทอโรอะตอม นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาโพลิเมอร์และวัสดุพิเศษ โดยความสามารถในการทำปฏิกิริยาของมันช่วยให้สามารถนำกลุ่มฟังก์ชันเข้าไปในโมเลกุลโซ่ยาว นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยและพัฒนาสำหรับการสร้างสารประกอบเคมีใหม่ที่มีศักยภาพทางชีวภาพ