2-Fluoroethanamine hydrochloride ถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ การนำสารนี้เข้าไปในโมเลกุลยาสามารถเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับกับโปรตีนเป้าหมาย สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาในระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) โดยอะตอมฟลูออรีนช่วยปรับปรุงการทะลุผ่านกำแพงเลือด-สมอง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างโปรบที่ติดฉลากรังสีสำหรับการศึกษาภาพ เพื่อช่วยในการวินิจฉัยและความเข้าใจเกี่ยวกับความผิดปกติทางระบบประสาท บทบาทของมันในเคมียารักษาเน้นย้ำถึงความสำคัญในการส่งเสริมการพัฒนานวัตกรรมทางบำบัด