6-Iodohex-1-yne ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการเชื่อมต่อคาร์บอน-คาร์บอน (carbon-carbon coupling reactions) เช่น ปฏิกิริยา Sonogashira coupling ซึ่งเป็นกระบวนการสำคัญในการสร้างพันธะระหว่างคาร์บอนกับคาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์ สารนี้ยังถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารประกอบอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและวัสดุศาสตร์ นอกจากนี้ ยังมีบทบาทในการศึกษาวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง