3-Fluoro-4-morpholinoaniline ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีที่มีความเฉพาะเจาะจงในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ ซึ่งช่วยในการศึกษากลไกการทำงานของโปรตีนหรือเอนไซม์ในร่างกาย รวมถึงการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูง