ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างฟลูออรีนของมันมีคุณค่าต่อการพัฒนาส่วนประกอบที่ใช้งานได้ โดยที่ความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการเข้าถึงทางชีวภาพเป็นสิ่งสำคัญ ใช้กันทั่วไปในการผลิตตัวยับยั้งการนำเซโรโทนินกลับเข้าสู่เซลล์แบบเลือกเฉพาะ (SSRIs) และสารอื่นๆ สำหรับระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ เนื่องจากอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่ม lipophilicity และความต้านทานต่อการย่อยสลาย เหมาะสำหรับใช้ในปฏิกิริยาการแทนที่แบบ electrophilic ซึ่งช่วยให้สามารถปรับแต่งหน้าที่เพิ่มเติมในการประกอบโมเลกุลที่ซับซ้อน