2-Chloro-4,6-difluorophenol ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ ในอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากโครงสร้างของมันมีองค์ประกอบของฟลูออรีนและคลอรีน ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของสารเหล่านี้ในการทำลายหรือยับยั้งการเจริญเติบโตของศัตรูพืชและเชื้อรา นอกจากนี้ยังอาจใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์อื่นๆ ที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีเกษตร