2-Chloro-4,6-difluorophenol ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการผลิตโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับสารประกอบอะโรมาติกที่มีฮาโลเจน ในงานวิจัยเภสัชกรรม มันมีส่วนช่วยในการพัฒนาส่วนประกอบที่ใช้งานได้สำหรับตัวแทนบำบัดต่างๆ ในภาคเกษตร มันช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพโดยการเสริมคุณสมบัติทางเคมีของผลิตภัณฑ์สุดท้าย นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการปรับเปลี่ยนโพลิเมอร์และสารเคลือบเพื่อปรับปรุงลักษณะการทำงาน