3-Chloro-4-fluorobenzotrifluoride ถูกนำไปใช้เป็นสารตั้งต้นในอุตสาหกรรมเคมี โดยเฉพาะในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร เช่น การพัฒนาส่วนผสมออกฤทธิ์สำหรับยาและยาฆ่าแมลง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการผลิตสารเคมีพิเศษ รวมถึงสีย้อมและสารประกอบอินทรีย์ เนื่องจากมีกลุ่ม trifluoromethyl ที่ทำปฏิกิริยาได้ดี นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสร้างโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเฉพาะ เช่น ความต้านทานต่อสารเคมีและความทนทาน โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและยาฆ่าแมลง รวมถึงสารประกอบอินทรีย์ฟลูออรีนที่มีบทบาทในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เช่น การสังเคราะห์ยาต้านจุลชีพหรือยาต้านไวรัส และในกระบวนการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ ในห้องปฏิบัติการ