ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาฆ่าเชื้อราและสารกำจัดวัชพืช หมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์ทำปฏิกิริยากับนิวคลีโอไฟล์ได้ง่าย ส่งผลให้เกิดซัลโฟนามายด์และซัลโฟเนตเอสเทอร์ ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ นอกจากนี้ ยังใช้ในเคมียารักษาเพื่อนำหมู่ difluoromethylbenzene sulfonyl เข้าสู่สาร เพื่อปรับความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิกของยาตัวสมัคร